Nedílnou součástí cisterciáckých klášterů je budova opatství, stojící vždy stranou vlastního kláštera. Užívána byla hlavním představitelem kláštera- opatem. Budova sloužila i jako ubytovna pro případné hosty. Zlatokorunské opatství je v jádru gotická stavba, vznikla snad již kolem roku 1300 či v první třetině 14. století (podle novějších studií již v poslední třetině 13. století), přestavená a rozšířená kolem roku 1390–1400. Součástí opatského domu byla kaple v 1. patře.
Než vstoupíte do samotné kaple, ocitnete se ve vstupní síni, která v sobě spojovala funkci reprezentativního vstupu a ústředního sálu, z něhož se vstupovalo do bytu opata, opatské kaple a k hostinským pokojům. Síň byla v renesanci zaklenuta neckovou klenbou s výsečemi a do současné podoby upravena za předposledního opata Kristiána Guschla (1734-1754) po požáru, který budovu poničil roku 1736. Součástí síně je rozsáhlá barokní freska, která byla restaurována v letech 2004-2005.
Poslední rozsáhlá rekonstrukce opatské kaple probíhala v letech 2012-2013 stavební firmou VIDOX, s.r.o., restaurátorské práce prováděl ak. mal. Karel Hrubeš z Českého Krumlova. Vznik opatské kaple je kladen do 1. čtvrtiny 14. století nebo až k polovině 14. století. Poprvé je v písemných pramenech připomínána roku 1387. Kaple byla vybudována na oktogonálním půdorysu s hruškovitými žebry. První stavební úpravy proběhly nejpozději ve 20. letech 17. století (za opata Jiřího Hubera (1616-1623), kdy je v pramenech (kronika P. Viléma Fiedlera) poprvé a zároveň naposledy zmíněno zasvěcení kaple sv. Jiří. V té době došlo také k vyvýšení podlahy a probourání nového vstupu z haly, kvůli čemuž byla odstraněna část zdi s příporou. K další úpravě došlo v 70. letech 17. století, kdy se opatský dům rozšířil a tím došlo ke zrušení kružbových oken. K třetí úpravě došlo kolem poloviny 18. století v souvislosti s výmalbou haly a do kaple byly instalovány dvoukřídlé dveře se zárubní. Ve 2. čtvrtině 19. století sloužila kaple jako salonek a součást bytu správce kláštera. Menší stavební úpravy probíhaly i roku 1942. Při poslední rekonstrukci došlo k obnovení vchodu do tzv. kulečníkového sálu.
V kapli je od sezóny 2016 instalován originál gotického obrazu z počátku 15. století, místní patronky Zlatokorunské madony.
Kaple Andělů strážných patří mezi nejstarší část kláštera, vystavena byla již v 70. letech 13. století. Zajímavostí je, že je patrová, což na svou dobu není příliš obvyklé. Uvnitř se s největší pravděpodobností uchovával trn z Kristovy trnové koruny, který dal klášteru svůj název - Svatá Trnová Koruna. Z doby založení kaple se dochoval i gotický portál u vstupu ze zahrady. Z barokního období pochází fresky od Františka Prokyše, které byly značně poškozeny v 19. století, kdy se kaple adaptovala na byty pro dělníky, kteří pracovali v továrnách umístěných v klášterním areálu.
Chrám Nanebevzetí Panny Marie je největším kostelem jižních Čech a není divu, že samotná stavba trvala více než sto let. Ve druhé polovině 17. a 18. století došlo k značným barokním úpravám. Dominantou kostela je rozeta z poloviny 14. století, jejímž autorem by mohl být Michal Parléř, bratr známějšího Petra.