Psal se 6. duben roku 1263 a v rakouském klášteře Heiligenkreuz (Svatý Kříž) se řeholníci cisterciáckého řádu vydali na cestu. Cílem jejich putování bylo "jisté místo v Čechách", na které dorazili snad už v polovině téhož měsíce. Na konci cesty je čekal pohled na řídce osídlený lesnatý kraj, tak jak je pro tento řád typické. Právě zde měl vzniknout nový klášter a to díky pátému českému králi- Přemyslu Otakaru II. V klášterních zdech se v křišťálové schránce uchovávala vzácná relikvie, trn z Kristovy koruny, který pojmenoval zdejší nové opatství na Svatou (Trnovou) Korunu. Od 17. století se užívá názvu Zlatá Koruna.

Podle legendy založil klášter Přemysl Otakar II. ze zbožných pohnutek. Král měl totiž před důležitou bitvou u Kressenbrunnu roku 1260 proti uherskému králi Bélovi IV. učinit zbožný slib, že za své vítězství nechá založit klášter. Po vítězném boji pak své slovo skutečně splnil. Důvody pro založení kláštera však byly zároveň i politické. Nový klášter měl zamezit případné rozpínavosti rodu Vítkovců, kterým patřil nedaleký Český Krumlov.

Zakladatel věnoval Zlaté Koruně rozsáhlé pozemky, k nimž pak přibyly další od jiných donátorů, což klášteru umožnilo velký rozkvět ve 14. století. Sláva Zlaté Koruny však pohasla během husitských válek. Roku 1420 byl napaden husity, kteří budovy zapálili a způsobili tím velké škody. Mniši proto klášter na 17 let opustili. Rožmberkové, sídlící v nedalekém Českém Krumlově, v té době uchvátili klášterní statky, které již nikdy nebyly vráceny svému původnímu majiteli. Mniši tak neměli prostředky na obnovu kláštera, a proto až do 17. století nemohli užívat pobořený klášterní kostel a velký konvent.

Po Třicetileté válce, během níž klášter trpěl pobyty vojsk a rabováním, se však Zlatá Koruna vzchopila a dokonce se ve 2. polovině 17. století počítala mezi vzorové kláštery českomoravské cisterciácké provincie. V té době byl klášter nákladně opravován.

Další dobou rozkvětu byla 2. polovina 18. století za posledního opata Bohumíra Bylanského, který se pečlivě staral o duchovní i hmotnou stránku života kláštera. Založil tu např. školu pro děti místních poddaných, kde se vyučovalo podle tehdy moderní názorné metody. Dále nechal vyzdobit interiéry kláštera v rokokovém slohu a upravil klášterní zahrady. Bohužel právě tehdy, roku 1785, byl slibný rozvoj kláštera nečekaně ukončen zrušovacím dekretem císaře Josefa II. a od té doby zde řeholní život definitivně ustal.

Budovy kláštera poté odkoupili krumlovští Schwarzenbergové (roku 1787), kteří jej pronajímali pro nevhodné průmyslové provozy. Zejména slévárna a strojírna, umístěné v křížové chodbě (v 2. polovině 19. století), značně poškozovaly klášterní architekturu. Naštěstí byly tyto továrny roku 1909 zastaveny a začalo se s rekonstrukcemi klášterních budov, které probíhaly od roku 1938 i během 2. světové války pod vedením architekta Fidry. 

Roku 1947 byl klášter Schwarzenbergům zkonfiskován, a to na základě Zákona č. 143/1947 Sb. (neformální název Lex Schwarzenberg). V letech 1979 až 2000 byl pod správou Státní vědecké knihovny v Českých Budějovicích a nyní ho spravuje Národní památkový ústav. V roce 1995 byl zlatokorunský klášter prohlášen národní kulturní památkou.