Do kláštera Svatá trnová koruna (Sancta Spinea Corona) povolal cisterciáky z rakouského kláštera Heiligenkreuz český král Přemysl Otakar II. roku 1263. Později se klášter označoval jako Zlatá Koruna. Řád zde působil s malou přestávkou během husitských válek až do roku 1785, kdy byla jeho činnost ukončena zrušovacím dekretem císaře Josefa II. a od té doby zde řeholní život definitivně ustal.

Budovy kláštera poté odkoupili krumlovští Schwarzenbergové (roku 1787), kteří jej pronajímali pro nevhodné průmyslové provozy. Zejména slévárna a strojírna, umístěné v křížové chodbě (v 2. polovině 19. století), značně poškozovaly klášterní architekturu. Naštěstí byly tyto továrny roku 1909 zastaveny a začalo se s rekonstrukcemi klášterních budov, které probíhali od roku 1938 i během 2. světové války

Roku 1947 byl klášter Schwarzenbergům zkonfiskován, a to na základě Zákona č. 143/1947 Sb. (neformální název Lex Schwarzenberg). V letech 1979 až 2000 byl pod správou Státní vědecké knihovny v Českých Budějovicích a nyní ho spravuje Národní památkový ústav. V roce 1995 byl zlatokorunský klášter prohlášen národní kulturní památkou.

 V současné době klášter nabízí několik prohlídkových tras, které návštěvníkům přiblíží řeholní život zdejších mnichů. V klášteře se koná řada kulturních akcí (koncerty, divadla, výstavy apod.). Prostory se dají pronajmout i pro různé akce (svatby, rauty). V samotném areálu je i pobočka Jihočeské vědecké knihovny s oddělením rukopisů a starých tisků.