V areálu kláštera se nachází několik zajímavých stromů. Ten největší stojí na hlavním nádvoří vedle kaple Andělů strážných, jedná se o téměř 30 m vysokou lípu Kapucínku. K jejímu názvu se pojí pověst: když v roce 1420 dobyli klášter husité, oběsili na jedné z lip, které tu tehdy tvořily alej, zdejší mnichy. Od té doby mají zlatokorunské lípy stočené některé listy do tvaru kápí na počest oněch řeholníků. Botanici označují tento typ lípy velkolisté, na které se objevují srostlé listy jako Tilia europaea cucullata a jedná se zřejmě o genetickou mutaci. Stáří stromu se odhaduje na 400 let.
Uprostřed nádvoří stojí menší lípa širokolistá naroubovaná na lípu stříhanolistou vysazená nejspíš po zrušení kláštera, kdy zde byla mimo jiné schwarzenberská lesnická škola.
V zahradě roste dřín obecný, který pamatuje ještě cisterciáky. Jeho plody – dřínky, jsou jedlé a používají se na výrobu marmelád, sirupů, ale i jako léčivo.
Před bránou u vivária (rybníčku) se dochovala poslední z moruší – moruše černá, které tady vysadil poslední opat Bylanský kvůli chovu bource morušového na výrobu hedvábí.